Nie wiem czy dobrze zrozumiałem, ale jeżeli na pierwsze wezwanie złożyłeś samą wizualizację dokumentu (plik .pdf) a na drugie wezwanie plik xxxx.xml.xades (sam podpis) to Zamawiający nie otrzymał wszystkich potrzebnych informacji do weryfikacji i prawidłowo odrzucił ofertę.
Na przyszłość musisz dostarczyć Zamawiającemu co najmniej dwa pliki z e-krk tj. xxxxxxx.xml i xxxxxxx.xml.xades, gdzie xxxxxxx to numer nadany przez e-krk. Opcjonalnie może to być cała paczka xxxxxxx.zip (pobrana z e-krk).
Jedyną szansą to nieprecyzyjne wezwanie Zamawiającego. Piszesz:
mirek.sz1 napisał/a:Następnie Zamawiający ponownie wezwał o podpis xml osoby która te e-KRK podpisywała (z Sądu)
Jeżeli Zamawiający wezwał o sam podpis (choć nie wydaje mi się to możliwe), a w odpowiedzi dostał podpis (czyli plik .xades) to jest szansa na skuteczne odwołanie.