Sam fakt, iż firma X wystawia referencje dla Y dla mnie nie rodzi negatywnych skutków. Ja bym wezwał firmę Y do złożenia wyjaśnień w zakresie przedstawionych dokumentów z powodu, iż robota na którą się powołuje została wykonana na rzecz Zamawiającego (tzn. Was) przez firmę X, ktora jak piszesz nie była uprawniona do udzielania zamówienia podwykonawcy.

Jednocześnie pouczyłbym o skutkach składania fałszywych dokumentów w celu uzyskania zamówienia