czy Waszym zdaniem moglibysmy dostać korekte ze wzgledu na sprzeczność zapisów siwz i wzoru umowy?i moglo miec to wplyw na ceny ofert bo wykonawcy mogli w dwojaki sposob zrozumiec te zapisy-np. 1 wycenil sobie koszt zabezpieczenia w oferte w wys. 30% na okres roku a drugi te 30% na caly okres gwarancji czyli 5 lat?i przez to sa one nieporownywalne?

Raczej nie, wykaz naruszeń powodujących nałożenie korekty wskazany jest w "taryfikatorze" nie ma tam naruszenia które odnosiłoby się do sprzeczności siwz.
Twoja interpretacja naruszenia odnosi się do art. 7 - równe traktowanie (nieco naciągane) w taryfikatorze naruszenie art. 7 karane jest w kontekście określenia dyskryminacyjnych warunków udziału w postępowaniu lub kryteriów oceny ofert.
Może  sobie przeanalizować "taryfikator", jest dostępny pod linkiem:

http://www.funduszeeuropejskie.gov.pl/Dokumenty/Strony/Dokumenty.aspx?zakladka=2&strona=1#

Strony postanawiają, że 30 % wniesionego zabezpieczenia należytego wykonania umowy jest przeznaczone na zabezpieczenie roszczeń z tytułu gwarancji jakości, zaś 70 % przeznacza się, na gwarancję zgodnego z umową wykonania robót.

czyli zapis ten jest błędny (w aktualnej ustawie nie ma mowy juz o gwarancji jakosci)
w siwz z kolei sa takie zapisy:
1. Zamawiający ustala podział zabezpieczenia wykonania umowy na dwie części:
1.1.70% wartości zabezpieczenia dotyczyć będzie wykonania zamówienia oraz uznania go przez Zamawiającego za należycie wykonane.
1.2. 30% wartości zabezpieczenia dotyczyć będzie rękojmi za wady lub gwarancji jakości.
2. Warunki i termin zwrotu zabezpieczenia należytego wykonania umowy określone zostały w projekcie umowy stanowiącym załącznik nr 8 do siwz.
3. W zakresie zabezpieczenia należytego wykonania umowy obowiązują uregulowania Prawa zamówień publicznych zawarte w art. od 147 do 151.
czyli ostatnie zdanie (3) sprzeczne z tymi wczesniejszymi ktore odnosza sie znow również do gwarancji jakosci.

czy Waszym zdaniem moglibysmy dostać korekte ze wzgledu na sprzeczność zapisów siwz i wzoru umowy?i moglo miec to wplyw na ceny ofert bo wykonawcy mogli w dwojaki sposob zrozumiec te zapisy-np. 1 wycenil sobie koszt zabezpieczenia w oferte w wys. 30% na okres roku a drugi te 30% na caly okres gwarancji czyli 5 lat?i przez to sa one nieporownywalne?