Treści drugiego akapitu nie popieram. Z zasady nie bardzo można zmieniać ceny jednostkowe, nie zawsze też musimy doszukiwać się błędów i poprawiać według swojego poglądu. Błąd powinien być ewidentny, by warto go ruszać.
No, chyba że w specyfikacji precyzyjnie opisane i teraz tylko dostosowujemy rachunki.

Jeżeli w drugiej sprawie bardziej ci pasuje druga ścieżka, to wydaje mi się, że w pierwszej sprawie też powinienem wyczyścić niejasności i te jednostkowe vat i brutto podać do 4 miejsc po przecinku.
Zastanawiam się tylko czy w obu sprawach poprawiać jako oczywiste omyłki i samodzielnie rozpisać ceny jednostkowe do 4 miejsc po przecinku, czy po prostu zapytać o wyjaśnienie treści oferty czy Wykonawca mnożył wartości jednostkowe z dokładnością do 4 miejsc po przecinku ale zapisał zaokrąglone do dwóch miejsc i wtedy to tak zostawić i nie poprawiać (bo już nie byłaby to oczywista omyłka).

(a powinno być tak jak się liczy na fakturach).

To tak nie można na fakturach???
Ostatnio jestem przekonany że mnożyć można zarówno netto jak i brutto, a podatek od całości.

Teraz do rzeczy - pierwsze by darował sobie, skoro nie ma wpływu na rozliczenia, w drugim druga ścieżka bardziej mi pasuje

wiec przykład dla długopisu

il. 1000szt | j.netto 0,18 | j.vat  0,04 | j.brutto  0,22 | wart.netto 180,00 | wart.vat  41,40   wart. brutto 221,40

Niestety trochę nieszczęśliwie podałem w tabeli sposób liczenia, czyli wartości powstają z przemnożenia ilości przez poszczególne ceny jednostkowe. (a powinno być tak jak się liczy na fakturach).
W tym momencie mając zaokrąglony vat do dwóch miejsc po przecinku i potem wartość podatku vat z którego widać że do obliczeń wzięto do 3-4 miejsc po przecinku mam niezgodność (nie wpływającą na cenę ofertową).

Ewidentnie widać ze wartości są prawidłowe, cena jednostkowa netto też bo ona jest wyjściowa.
Czy mogę napisać do Wykonawcy, że poprawia się oczywistą omyłkę dla j.vat i j.brutto i przedstawia się te wartości do 4 miejsc po przecinku, dla jasności kalkulacji cen jednostkowych, które nie mają wpływu na kwestie przyszłych rozliczeń.

I drugi przykład:

cena jednostkowa netto : 0,18   ilość 1000    wartość netto  176,50

Potraktować że wyjściowe jest 0,18 i poprawić wartość netto na 180,00 czy też Wykonawca dostał ofertę za 1000 długopisów, podzielił ją przez 1000 i zaokrąglił cenę netto do 0,18, więc powinienem dla porządku kalkulacji poprawić cenę jednostkowa do 4 miejsc po przecinku ?

Cena jednostkowa to jeszcze nie cena, o której mówi ustawa.

ustawa o cenach... dwa miejsca w prawie polskim

... do rozliczeń.

Miras, poprawić jako rachunkową czy najpierw z art. 87 ust 2 pkt 3 a jak Wykonawca wyrazi zgodę to zawiadomić o poprawieniu omyłki rachunkowej??

Czy cena jednostkowa określona w tysięcznych złotego ma charakter kalkulacyjny i służy jedynie do wyliczenia ceny oferty, czy ma charakter rozliczeniowy?

Jeśli Wykonawca się zgadza to może sobie napisać pismo (są tacy), ale może też nie zrobić nic. Jeśli się nie zgadza to zawiadamia o tym Zamawiającego.

Zgoda dorozumiana jest zgodą.

Miras, poprawić jako rachunkową czy najpierw z art. 87 ust 2 pkt 3 a jak Wykonawca wyrazi zgodę to zawiadomić o poprawieniu omyłki rachunkowej??

Wykonawca NIE MUSI SIĘ zgadzać - on może się NIE ZGODZIĆ jedynie. Tak - 87.2.3

Wykonawca wpisał w formularzu ofertowym cenę netto 3,070 zł/l, upust 0,117 zł/l i cenę jednostkową netto po uwzględnieniu upustu 2,953 zł/l.
W siwz miałam zapis, że wymagamy aby wszystkie obliczenia dokonane zostały z dokładnością do dwóch miejsc po przecinku.
Czy z tym począć???

Poprawić zgodnie z SIWZ - 2.95. Teraz nie czas nad zastanawianiem się na kosekwencjami wynikacjącymi z zapisów SIWZ.