1) czy zamówienie bez podziału na części ale obejmujące dwa zadania może mieć dwa terminy wykonania, 2) jak rozwiązać sprawę zabezpieczenia umowy, czy możę być na kwoty i terminy poszczególnych zadań?

1)  Jasne że może dwa, a nawet więcej - ile wlezie. Oczywiście termin obowiązywania całej umowy jest tylko jeden.
2) Zrozumiałe, że tak.

Pamiętaj, że mimo podziału prac na etapy prowadzisz jedno postępowanie o udzielenie zamówienia publicznego. W związku z powyższym do wyliczenia wartości zabezpieczenie należytego wykonania umowy powinieneś przyjąć całkowitą cenę ofertową obejmującą oba etapy prac. Jeżeli chodzi o zwrot 70% zabezpieczenia to powinien on nastąpić w terminie 30 dni licząc od dnia dokonania przez Ciebie końcowego odbioru robót. Z Twojego opisu wynika, że zakończenie I etapu prac nie będzie wiązało się z oddaniem ich do użytku po dokonaniu przez Ciebie odbioru częściowego.

W związku z powyższym również bieg terminu gwarancji i/lub rękojmi będzie biegł jednakowo dla obu etapów robót i rozpocznie się wraz z odbiorem końcowym całej inwestycji. Z powyższego względu termin zarówno na zwrot 70% zabezpieczenia jak i  pozostałych 30% będzie biegł jednakowo dla całej inwestycji."