Cenę brutto zostaw, stawkę VAT w % przyjął dobrą, popraw wartość VAT i zawiadom wykonawcę i czekaj na reakcję.

a potraktować to jako omyłkę rachunkową czy pisarską, bo tak faktycznie to końcówka Vatu powinna być 40 a wykonawca wpisał 00, chyba 4 z 0 mu się myknęła.

A masz "jakąkolwiek" wartość netto?

nie mam netto, bo jak mam brutto i vat to netto łatwo policzyć. nie zadałem netto bo wychodzę z założenia że ostateczną ceną oferty jest cena brutto. dodatkowo żądałem vat żeby łatwiej obliczyć netto, którą podaje sie przy zamieszczaniu ogłoszenia o udzieleniu zamówienia.

ciężko to będzie poprawić bez kwoty netto

przyznam bez bicia, że nie wiem co bym w takiej sytuacji zrobiła

bo teraz to wygląda tak że masz np   
      nie ma netto                    2000 zł kwoty VAT                 12 000 brutto

Netto nie jest mi znana więc nie mogę mieć wątpliwości, że jakaś tam netto istnieje i jest ona prawidłowa a tym samym vat jest ok