W SIWZ wymagaliśmy udzielenia gwarancji na okres 5-lat.
Wykonawca udzielił 3-letniej gwarancji
czy w tym przypadku wezwać do uzupełnienia czy odrzucić na podstawie art.89 ust.1 pkt. 2

Nie możemy tego uzupełniać bo to nie są dokumenty ale treść oferty. Art. 87 ust. 1 mówi iż nie można dokonywać zmian w treści oferty, a uzupełnienie lub wyjaśnienie doprowadziłoby właśnie do takiej sytuacji.
Należy odrzucić ofertę - art. 89 ust. 1 pkt 2.

to co twoim zdaniem jest dokumentem załączonym do oferty

Chodzi o KRS, KRK, US, ZUS, wykazy, referencje, opinie bankowe, polisy, certyfikaty produktowe, ISO itp.

W SIWZ wymagaliśmy udzielenia gwarancji na okres 5-lat.
Wykonawca udzielił 3-letniej gwarancji
czy w tym przypadku wezwać do uzupełnienia czy odrzucić na podstawie art.89 ust.1 pkt. 2

Oczywiście odrzucić.
Uzupełnia się dokumenty załączone do oferty, ale nigdy samą ofertę!