Spokojnie, oddychaj
Nie interesuje mnie co ten zamawiający zrobi, tylko co w waszej ocenie powinien zrobić - czy jest uprawniony do sprawdzania wszystkich kosztorysów i czy ma prawo do odrzucenia oferty, jeżeli Wykonawca nie ujmie którejś z pozycji z przedmiaru.

Oddycham.
Myślę, że skoro go żąda, to w jakimś celu. Wykluczam przy tym, że powiesi go w ramce na ścianie. W mojej opinii sprawdzanie go przy ryczałcie to bzdura, ale nie siedzę w jego skórze. 
Zajrzyj jeszcze tutaj KIO 1837/15

Przecież nie pytam się po co mu kosztorys, tylko  czy w waszej ocenie:
a) zamawiający będzie sprawdzał wszystkie kosztorysy a następnie będzie oceniał oferty i później wzywał Wykonawcę z ofertą ocenioną najwyżej?
b) Co jeżeli wykonawca nie ujmie której z pozycji kosztorysu - czy Zamawiający będzie mógł odrzucić ofertę?

No właśnie powtarzasz pytanie, które powinieneś zadać zamawiającemu, bo my skąd mamy wiedzieć co oni zamierzają z tym kosztorysem zrobić? Co z tego, że ktoś napisze "moim zdaniem nie sprawdzi", skoro w rzeczywistości sprawdzi....
Nie ten adresat pytania.

2) Czy ten zamawiający będzie sprawdzał wszystkie kosztorysy a następnie będzie oceniał oferty i później wzywał Wykonawcę z ofertą ocenioną najwyżej?
3) Co jeżeli wykonawca nie ujmie której z pozycji kosztorysu - czy Zamawiający będzie mógł odrzucić ofertę?

KIO 2724/15
Izba wskazuje, że zamawiający uprawniony był do żądania od wykonawców złożenia kosztorysu niezależnie od tego, że umówione przez strony wynagrodzenie miało być wynagrodzeniem ryczałtowym. W opozycji do takiego żądania nie stoi bowiem żaden z powszechnie obowiązujących przepisów prawa, w szczególności przepis ustawy P.z.p. ani Kodeksu cywilnego. Podkreślić przy tym należy, że przytoczone wyżej postanowienia s.i.w.z. wskazują, że kosztorys ofertowy dla części rozliczanej ryczałtowo nie miał jedynie charakteru informacyjnego, jak jest to zwykle przyjmowane przy tego typu rozliczeniu, lecz miał konkretne znaczenie dla realizacji zamówienia.

A zatem uznać należy, iż odwołujący, decydując się na złożenie oferty w przedmiotowym postępowaniu, winien był respektować ustalone przez zamawiającego zasady i złożyć wszystkie wymagane dokumenty, w tym również wymagany kosztorys.

Zobacz to KIO 757/15
W niniejszym zamówieniu wynagrodzenie określone jako ryczałtowe (art. 632 Kodeksu cywilnego). Brak w SIWZ i projekcie umowy jakichkolwiek postanowień, które przypisywałyby kosztorysowi załączonemu do oferty jakiekolwiek znaczenie. Jest to konieczne przy wynagrodzeniu ryczałtowym, ponieważ - odmiennie niż przy wynagrodzeniu kosztorysowym - brak jakiegokolwiek ,,naturalnego" powiązania pomiędzy kosztorysem a wynagrodzeniem czy sposobem realizacji umowy. Kosztorys w takim przypadku (przy wynagrodzeniu ryczałtowym) nie określa treści świadczenia - zakres robót budowlanych określony jest w dokumentacji projektowej (nawet Zamawiający w § 7 ust. 3 projektu umowy wskazuje, że ,,wynagrodzenie obejmuje wszelkie koszty związane z realizacją zamówienia, wynikające wprost z dokumentacji projektowej, a jak również nieujęte, bez których nie można wykonać realizacji zamówienia"); przedmiar załączony do SIWZ miał charakter jedynie pomocniczy, co wyraźnie w SIWZ zaznaczono. Już sam ten fakt uniemożliwiałby porównanie Zamawiającemu złożonych w postępowaniu kosztorysów z zachowaniem równego traktowania wykonawców.

Postanowienia umowne w żaden sposób nie odwołują się do kosztorysu ofertowego - rozliczenia (fakturowanie) będzie następować na podstawie protokołów odbioru sporządzonych zgodnie z harmonogramem. Co prawda mowa w postanowieniach umownych o robotach zamiennych i zaniechanych, jednak w ich kontekście również nie przywoływano kosztorysu ofertowego. W konsekwencji trzeba przyjąć, że kosztorys załączony do oferty w tymże postępowaniu miał charakter jedynie informacyjny, i jako taki nie mógł być podstawą odrzucenia oferty.