można byłoby przyjąć iż potwierdzeniem jest np. protokół odbioru materiałów bez uwag lub w całości zapłacona faktura

Czytaj ze zrozumieniem. Wiem, że można brać to pod uwagę.

Ale zamawiający musi podjąć konkretną decyzję mając określone dokumenty.
1) Czy Wykonawcę wezwać do uzupełnienia dowodu, z którego wynikałoby, ze usługa została wykonana należycie - 26.3?
2) Czy Wykonawce wezwać do wyjaśnienia, czy usługa była wykonana należycie - 26.4 - gdyż podejrzewam, że Wykonawca nie zdobędzie innych dowodów.

Wykonawca nie przedłożył dokumentu z którego wynikałoby, że ze usługa została wykonana należycie. Zatem wzywasz do złożenia dokumentu, a nie do wyjaśnień. (pytanie, co dadzą wyjaśnienia?)

Jeśli boisz się, że wezwaniem do uzupełnienia zamkniesz mu drogę do dalszych uzupełnień i masz czas - to wzywaj go do wyjaśnień. Tylko dla mnie to trochę bez celu - ponieważ wskazana wada może być zlikwidowana tylko przez uzupełnienie dokumentu.